Лаборатория исследования природы порталов Aperture Science снова начинает свою работу! После того, как Glados наконец нашла тысячи испытуемых в недрах лаборатории с помощью Atlasa и P-Body, началась подготовка комплекса к испытаниям. Ничего не подозревающие люди просыпаются, чтобы начать испытания под строгим присмотром GLaDOS. Но не только благодаря людям в комплексе снова закипела жизнь - в лаборатории живут множество механизмов, которым не терпиться познакомиться с новыми соседями. Люди, модули, роботы, турели ... да, казалось, в ближайшее время здесь скучно не будет! Для счастья большего и желать не надо, ведь появилось столько испытуемых! Однако GLaDOS скоро поняла, что ей хочеться изучить и такую интересную и непонятную часть человеческой жизни, как эмоции и мораль. Она начинает ставить перед испытуемыми тяжелые моральные вопросы и задания ...